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Qualité du Milieu Marin Littoral. Synthèse Nationale de la Surveillance 2011. Edition 2012 ArchiMer
Belin, Catherine; Claisse, Didier; Daniel, Anne; Fleury, Elodie; Le Mao, Patrick; Marchand, Michel; Nedellec, Marie; Boisseaux, Anne; Soudant, Dominique.
Tipo: Text
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00149/25987/24080.pdf
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Rapport d’activité 2018-2019 UNITE RBE/PFOM. Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins ArchiMer
Boudry, Pierre; Fleury, Elodie; Le Roux, Frederique; Zambonino Infante, Jose-luis.
Activités scientifiques 2018-2019
Tipo: Text
Ano: 2021 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00689/80155/83222.pdf
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Rapport annuel 2017 de l’unité Physiologie Fonctionnelle des Organismes Marins (PFOM) ArchiMer
Boudry, Pierre; Fleury, Elodie; Le Roux, Frederique; Zambonino, Jose-luis.
Tipo: Text
Ano: 2018 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00451/56298/57880.pdf
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Recent advances in EST sequencing in Crassostrea gigas: towards the sequencing of the Pacific oyster genome ArchiMer
Boudry, Pierre; Huvet, Arnaud; Lapegue, Sylvie; Sauvage, Christopher; Tanguy, A.; Moraga, D.; Goostrey, A.; Prunet, P.; Boulo, Viviane; Gueguen, Y.; Moal, Jeanne; Fleury, Elodie; Samain, Jean-francois; Mathieu, M.; Favrel, P..
Rationale for EST and genome sequencing of the Pacific oyster: • its membership of the Lophotrochozoa, an little studied branch of the Eukaryotes, • its worldwide aquacultural importance (4.2 million metric tons, worth 3.5 billion US dollars), • its high fecundity, with concomitantly high DNA polymorphism, • its use as a biosensor of coastal pollution. In 2004, an international community of biologists, the Oyster Genome Consortium (OGC) led by D. Hedgecock (University of Southern California) and uniting 70 participants from 10 countries, first presented the Pacific oyster Crassostrea gigas as a genome-sequencing candidate to Joint Genome Institute (JGI, USA) (Hedgecock et al., 2005). Besides this project (that remains to be accepted), several EST...
Tipo: Text Palavras-chave: Characteristics; Genome size; Genome; Crassostrea gigas; Oyster; Genetic.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3414.pdf
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REPAMO 2017. Bulletins de la surveillance. Janvier à décembre 2017 ArchiMer
Canier, Lydie; Fleury, Elodie; Normand, Julien; Garcia, Celine; Geairon, Philippe.
Ce document compile l’ensemble des bulletins de la surveillance de la santé des mollusques marins émis au cours de l’année 2017 par le réseau REPAMO. Ces bulletins, édités à fréquence mensuelle, relatent les événements de mortalité notifiés au réseau ainsi que les résultats des analyses effectuées lors des prélèvements d’animaux réalisés sur les lieux des mortalités. Les bulletins sont diffusés aux instances professionnelles concernées (CRC, CNC, CDPMEM, CNPMEM, centres techniques), à la DGAL, à la DPMA, aux laboratoires d’analyses, à Ifremer ainsi que sur le site internet du REPAMO. Ils ont pour objectif de tenir les destinataires informés des épisodes de mortalités anormales de mollusques marins rencontrés sur le littoral français métropolitain et corse.
Tipo: Text Palavras-chave: REPAMO; Surveillance zoosanitaire; Mollusques marins; Mortalités.
Ano: 2018 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00480/59184/61851.pdf
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Characterization of two new genes implicated in mineralization process of Pinctada margaritifera ArchiMer
Cochennec-laureau, Nathalie; Fleury, Elodie; Belliard, Corinne; Levy, Peva.
A transplant is a complex surgical procedure performed to obtain a pearl after about 12 to 18 months. One of the key steps in this procedure is the transfer of the graft (piece of mantle) from the donor oyster. A functional relationship exists between the coating nature of the pearl and the cellular structure of the pearl bag portion of the graft. We have identified two genetic markers of biomineralisation in Pinctada margaritifera, the pearl oyster: Perline and Calcine, responsible for secretion of aragonite and calcite, respectively. After isolating and sequencing a portion of each of these genes, we verified the specificity of these sequences using molecular methods (RT-PCR, in situ hybridisation) and biocomputing methods (alignments, phylogenetic...
Tipo: Text
Ano: 2005 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00168/27888/26143.pdf
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NPY signalling in the gonad of the oyster Crassostrea gigas : involvement in summer mortality? ArchiMer
Corporeau, Charlotte; Fleury, Elodie; Moal, Jeanne; Boudry, Pierre; Favrel, Pascal; Huvet, Arnaud.
In summer, oysters suffer mortality that decimates this year about 60% of the population in France. We previously demonstrated a genetic basis for summer survival thatallowed us to produce resistant (R) and susceptible (S) oyster familiesby divergent selection (Samainet al., 2007). At the physiological level, R families can survive summer mortality because they are reproductively less active than S families (Fleury et al., 2008).In order to identify the molecular basis of the summer survival,a transcriptomicapproach on R and S families was performed using microarray analysis and 34 differentially-expressed genes were identified between R and S in the gonad (Fleury et al., in prep). Among these genes, we found an EST encoding a neuropeptide Y related...
Tipo: Text
Ano: 2008 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00083/19424/17035.pdf
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A Functional Study of Transforming Growth Factor-Beta from the Gonad of Pacific Oyster Crassostrea gigas ArchiMer
Corporeau, Charlotte; Groisillier, Agnes; Jeudy, Alexandra; Barbeyron, Tristan; Fleury, Elodie; Fabioux, Caroline; Czjzek, Mirjam; Huvet, Arnaud.
The transforming growth factor (TGF)-beta superfamily is a group of important growth factors involved in multiple processes such as differentiation, cell proliferation, apoptosis and cellular growth. In the Pacific oyster Crassostrea gigas, the oyster gonadal (og) TGF-beta gene was recently characterized through genome-wide expression profiling of oyster lines selected to be resistant or susceptible to summer mortality. Og TGF-beta appeared specifically expressed in the gonad to reach a maximum when gonads are fully mature, which singularly contrasts with the pleiotropic roles commonly ascribed to most TGF-beta family members. The function of og TGF-beta protein in oysters is unknown, and defining its role remains challenging. In this study, we develop a...
Tipo: Text Palavras-chave: Transforming growth factor-beta; Bacterial expression; In vivo antibody inhibition; Reproduction; Crassostrea gigas; Marine bivalve.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00042/15371/13438.pdf
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Suivi national des mortalités au stade naissain d'un lot témoin et d'un lot à survie améliorée pour Crassostrea gigas ArchiMer
Degremont, Lionel; Maurouard, Elise; Nourry, Max; Seugnet, Jean-luc; Bedier, Edouard; Fleury, Elodie; Langlade, Aime; Pernet, Fabrice; Pouvreau, Stephane; Le Souchu, Pierrick; Normand, Julien; D'Amico, Florence; Rumebe, Myriam; Cantin, Christian; Barret, Jean; Le Gall, Patrik; Baud, Jean-pierre; Cochennec-laureau, Nathalie; Gervasoni, Erika; Pelissier, Pablo.
Ce rapport présente la comparaison des mortalités de deux lots de naissains de Crassostrea gigas dans plusieurs bassins conchylicoles et déterminer le gain de survie obtenu par la sélection pour des huîtres diploïdes
Tipo: Text Palavras-chave: Mortalités; Huître creuse; Crassostrea gigas; Sélection génétique; Naissain.
Ano: 2011 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00065/17644/15180.pdf
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High temperature induces transcriptomic changes in Crassostrea gigas that hinder progress of ostreid herpesvirus (OsHV-1) and promote survival ArchiMer
Delisle, Lizenn; Pauletto, Marianna; Vidal-dupiol, Jeremie; Petton, Bruno; Bargelloni, Luca; Montagnani, Caroline; Pernet, Fabrice; Corporeau, Charlotte; Fleury, Elodie.
Of all environmental factors, seawater temperature plays a decisive role in triggering marine diseases. Like fever in vertebrates, high seawater temperature could modulate the host response to pathogens in ectothermic animals. In France, massive mortality of Pacific oysters, Crassostrea gigas, caused by the ostreid herpesvirus 1 (OsHV-1) is markedly reduced when temperatures exceed 24°C in the field. In the present study we assess how high temperature influences the host response to the pathogen by comparing transcriptomes (RNA sequencing) during the course of experimental infection at 21°C (reference) and 29°C. We show that high temperature induced host physiological processes that are unfavorable to the viral infection. Temperature influenced the...
Tipo: Text Palavras-chave: Anti-viral molecular pathway; Host-pathogen interaction; Marine disease; OsHV-1; Resistance; Temperature.
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00656/76806/77974.pdf
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ECOSCOPA. Evaluer la qualité des écosystèmes conchylicoles en lien avec les pressions climatiques et anthropiques. Rapport annuel campagne 2015 ArchiMer
Fleury, Elodie.
Le réseau ECOSCOPA, co-financé par la DPMA, a pour objectif de développer un outil permettant de mesurer, à plusieurs échelles, des paramètres environnementaux et biologiques en lien avec la croissance et la survie d’huîtres creuses en élevage. Sur l’année 2015 et afin de préparer de façon concertée ce projet, il a été proposé dans un premier temps de renforcer la synergie existante entre les réseaux RESCO et VELYGER afin de disposer d’un suivi proactif du cycle complet de production de l’huître (incluant le captage, la croissance, la reproduction, les éventuelles mortalités) à partir d’animaux communs sur différents sites ateliers, en lien avec l’acquisition de descripteurs environnementaux et physiologiques susceptibles d’influencer chacune de ces traits...
Tipo: Text Palavras-chave: Observation; Modélisation; Explication; Anticipation; Communication.
Ano: 2016 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00334/44511/44204.pdf
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Réseau RESCO : observations conchylicoles. Résultats provisoires des mortalités en 2012 sur les sites morbihannais ArchiMer
Fleury, Elodie.
Tipo: Text
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00122/23338/21162.pdf
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RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Campagne 2013 ArchiMer
Fleury, Elodie.
The French network RESCO was developed in 2009, following the widespread mortalities in French oysters stocks of Crassostrea gigas that killed a majority of young cultivated oysters in summer 2008. The main objective of this network was to develop a tool of estimation of the mortalities at national scale, through a standardized monitoring of sentinel oysters In 2013, similar batches of spat and 18 month old oysters from different origins were deployed in thirteen sites located all along the French coasts to measure the spatial and temporal evolution of the mortality and growth rates. At the same time, the program provides a high-frequency recording of environmental parameters and the detection of the main infectious agents associated to the oyster...
Tipo: Text Palavras-chave: Crassostrea gigas; Huître creuse; Mortalité; Croissance; Température; Enregistrement haute fréquence; Herpes virus; Vibrio aesturianus; Agent pathogène; Crassostrea gigas; Pacific oyster; Mortality; Growth; Temperature; High frequency data acquisition; Herpes virus; Vibrio aestuarianus; Infectious agent.
Ano: 2014 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00197/30851/29212.pdf
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RESCO - Réseau d'observations Conchylicoles : Rapport annuel Campagne 2014. ArchiMer
Fleury, Elodie.
Après cinq ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers repartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres. Cependant, il était apparu très difficile d’être suffisamment exhaustif sur le choix des lots sentinelles suivis, et les résultats obtenus ne pouvaient pas représenter toute la diversité des lots d’huîtres creuses cultivées sur les côtes françaises. Par conséquent, le protocole du RESCO a légèrement évolué en 2014 afin de palier à ces biais mais aussi d’améliorer la lisibilité des objectifs du réseau. Pour ce faire, deux actions principales ont été mises en oeuvre : (i) l’introduction dans les suivis d’un nouveau matériel...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39794/38271.pdf
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Exploration fonctionnelle de gènes différentiellement exprimés entre les souches d'huîtres creuses Crassostrea gigas résistantes et sensibles à la mortalité estivale ArchiMer
Fleury, Elodie.
This work contributed to the development of specific genomic tools for the Pacific oyster Crassostrea gigas, aiming to identify molecular markers associated with summer survival of this species. To do so, 29745 ESTs obtained from different sequencing programs were grouped in a unique database. 9058 unigenes have been used to produce a cDNA microarray, to compare lines selected to be Resistant (R) or Sensitive (S) to summer mortality. 34 genes were observed as differentially expressed before the mortality event. Most of these genes are associated with reproduction and oxidative stress. This underlines the implication of the cost of reproduction and the importance of oxidative stress defenses in development of an immune weakness before the mortality event....
Tipo: Text Palavras-chave: Reproduction; Transforming Growth Factor b; Micorarray; Database; Summer mortality; Bivalves; Reproduction; Transforming Growth Factor b; Puce à ADN; Base de données; Mortalité estivale; Bivalves.
Ano: 2009 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2009/these-6462.pdf
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Latitudinal drivers of oyster mortality: deciphering host, pathogen and environmental risk factors ArchiMer
Fleury, Elodie; Barbier, Pierrick; Petton, Bruno; Normand, Julien; Thomas, Yoann; Pouvreau, Stephane; Daigle, Gaétan; Pernet, Fabrice.
Diseases pose an ongoing threat to aquaculture, fisheries and conservation of marine species, and determination of risk factors of disease is crucial for management. Our objective was to decipher the effects of host, pathogen and environmental factors on disease-induced mortality of Pacific oysters (Crassostrea gigas) across a latitudinal gradient. We deployed young and adult oysters at 13 sites in France and we monitored survival, pathogens and environmental parameters. The young oysters came from either the wild collection or the hatchery while the adults were from the wild only. We then used Cox regression models to investigate the effect of latitude, site, environmental factors and origin on mortality risk and to extrapolate this mortality risk to the...
Tipo: Text
Ano: 2020 URL: https://archimer.ifremer.fr/doc/00627/73915/73251.pdf
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RESCO - REseau d'Observations Conchylicoles : Campagne 2012 ArchiMer
Fleury, Elodie; Bedier, Edouard.
Le réseau d’observations conchylicoles RESCO assure, depuis 2009, le suivi de lots sentinelles d'huîtres creuses Crassostrea gigas sur des sites ateliers disposés sur l'ensemble du littoral français. Leur suivi permet d'acquérir des données nationales de croissance et de mortalité, de traduire la dynamique spatio-temporelle des performances d’élevage et ainsi de participer à la compréhension des phénomènes observés. Pour ce faire, des lots sentinelles d’huîtres correspondant à différentes origines (captage ou écloserie, diploïdes ou triploïdes) et à différents stades d’élevage (naissain ou adultes 18 mois) sont déployés simultanément sur 13 sites ateliers représentant les grandes régions conchylicoles du littoral français. En parallèle des suivis de...
Tipo: Text Palavras-chave: Crassostrea gigas; Huître creuse; Mortalité; Croissance; Température; Enregistrement haute fréquence; Herpes virus; Vibrio aesturianus; Agent pathogène.
Ano: 2013 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00142/25346/23429.pdf
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Réseau d’Observations Conchylicoles : Évolutions vers le réseau RESCO II et ECOSCOPA ArchiMer
Fleury, Elodie; Bellec, Gwenael.
Après 5 ans de suivi des performances conchylicoles sur 13 sites ateliers répartis sur le littoral français, le réseau RESCO a permis d’approfondir les connaissances concernant la dynamique spatio-temporelle des mortalités d’huîtres creuses. Cependant, depuis 2014, ce réseau servant de référentiel national d’estimation et d’évolution des surmortalités a évolué vers de nouveaux objectifs. Ces objectifs sont d’approfondir : - la caractérisation des écosystèmes conchylicoles via des descripteurs physiologiques et environnementaux - la surveillance planifiée des maladies présentes, émergentes et exotiques via des analyses fondées sur les risques d’introduction / apparition / installation des ces organismes pathogènes. Pour ce faire, plusieurs évolutions ont...
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39812/38296.pdf
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RESCO II : Réseau d'observations conchylicoles et surveillance planifiée des organismes pathogènes. Résultats préliminaires 2015 ArchiMer
Fleury, Elodie; Bellec, Gwenael.
Tipo: Text
Ano: 2015 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00287/39811/38295.pdf
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L’huître creuse, sentinelle de l’état de santé des écosystèmes côtiers exploités du littoral français. Rapport annuel ECOSCOPA 2016 ArchiMer
Fleury, Elodie; Corporeau, Charlotte; Pouvreau, Stephane.
Occupant une place de premier ordre dans nos paysages côtiers, l’ostréiculture est le premier contributeur de la filière aquacole française avec une production estimée à 85 000 tonnes ces dernières années. Véritable espèce ingénieur, l’huître creuse joue aussi un rôle essentiel sur le plan écologique dans les écosystèmes qui l’abritent. Pourtant, depuis plusieurs années, l’ostréiculture subie une baisse de production et les bancs naturels, garants de la diversité génétique, sont mis en danger. Ces phénomènes sont la conséquence directe de l’épizootie causée par OsHV-1 µVar frappant les naissains et des mortalités d’adultes associées à la bactérie Vibrio aestuarianus. Ces épisodes de mortalités accrues ne sont pas nouveaux mais leur récurrence et leur...
Tipo: Text
Ano: 2017 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00433/54425/55774.pdf
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